Rok 1999/2000 to moment reformy szkolnictwa w Polsce – wprowadzono sześcioklasową szkołę podstawową i trzyklasowe gimnazjum. Na etapie klas I-III pojawiło się nauczanie zintegrowane, w którym nie wyodrębniono przedmiotów. Na etapie klas IV-VI przewidziano nauczanie blokowe. Zlikwidowano klasy VII i VIII. Przy szkole podstawowej otworzono trzyletnie gimnazjum, które zajęło część nowo wybudowanego budynku. Z dzienników znikają oceny mierne, zamieniono je na dopuszczające. U uczniów najmłodszych stosuje się ocenę opisową. Jak się okazało był to trudny okres dla szkoły, tak jak następne podczas wdrażania reformy w życie.

W szkole pracowało 29 pedagogów. Młodzież dalej aktywnie brała udział w olimpiadach przedmiotowych. Na 57 uczniów do rejonu przeszło 2 z j.rosyjskiego, 4 - geografii, 1 – j.polskiego, 2 - matematyki (z tego 1 dostała się do następnego etapu wojewódzkiego). Wprowadzono pierwsze testy kompetencji dla uczniów kończących szkołę podstawową. Zatwierdzono nowe wso, dotyczące klasyfikowania i promowania uczniów oraz plany wychowawcze.

Zakupiono nowoczesne wyposażenie szkolne: sprzęt sportowy, mikroskopy, skaner, radiomagnetofony, rozszerzono sieci internetową. Utworzono siłownię, którą udostępniano odpłatnie młodzieży pozaszkolnej. Wyposażono pracownię komputerową w komputery typu Macintosh.

W roku szkolnym 2000/2001 w Szkole Podstawowej w Wisznicach uczyło się 258 osób, od 17 do 26 w jednej klasie.

Rozpoczęto mierzenie jakości szkoły: opracowano ankiety dla nauczycieli, uczniów i rodziców. Z  przeprowadzonej analizy wynikło, iż w latach 1997-2000 ilość uczniów zmniejszyła się z 381 do 319. Zmniejszeniu uległa też liczba ocen celujących ze 137 do 103. Nieznacznie spadła liczba osób z ocenami niedostatecznymi z 380 do 316. Wzrosła natomiast liczba dzieci biorących udział w konkursach gminnych z 274 na 305, zmalała w etapach powiatowym i znacznie w wojewódzkim (z 66 na 23). Na podstawie badań stwierdzono, że zarówno rodzice jak i nauczyciele akceptują szkołę. Uczniowie natomiast wyrazili zadowolenie ze szkoły, tylko około 3% miało inne zdanie. Zatrudniono pedagoga szkolnego, którego praca opierały się na zadaniach ogólnowychowawczych, profilaktyce wychowawczej,  działalności korekcyjno – wyrównawczej, pomocy materialnej, rozwoju zawodowym i doskonaleniu zawodowym.

W placówce przeprowadzono obchody Dni Kultury Chrześcijańskiej, społeczność szkolną zapoznano z postacią Kardynała Stefana Wyszyńskiego, któremu poświęcony był 2001 rok. Organizowano konkursy: sportowe, ortograficzne, wiedzy religijnej, plastyczne.

Uczniowie czynnie włączyli się w akcje charytatywne np. wzorem lat poprzednich zbierali pieniądze na rzecz fundacji „Pomóż dzieciom przetrwać zimę”, „Szczęśliwe dzieciństwo”, WOŚP.

Dzieci zajmowały wysokie miejsca w różnych konkurencjach sportowych w rejonie: III miejsce w Ogólnopolskim Młodzieżowym Turnieju Turystyczno – Krajoznawczym Szkół Podstawowych, czołowe lokaty w marszach na orientacje „Wiosna 2001”.

Młodzież z sukcesami brała udział w następujących konkursach: krasomówczy (3 osoby w etapie okręgowym), matematyczny (1 osoba w okręgu), literacko – językowy (9 osób w okręgu), Turniej Wiedzy o Bezpieczeństwie Ruchu Drogowego (3 osoby zakwalifikowały się do powiatu).